Sumar

O prezentare generală a modului în care FoundationOne CDx® poate ajuta medicii în alegerea celor mai adecvate terapii sau pentru includerea pacienților lor în studii clinice, conducând la optimizarea rezultatelor clinice.
Detectarea biomakerilor

FoundationOne CDx® optimizează detectarea biomarkerilor asociați cu terapiile potențial eficiente

FoundationOne CDx™ (F1CDx) este un dispozitiv de diagnostic in vitro bazat pe tehnici secvenţiere de nouă generaţie pentru detectarea modificărilor de tipul substituţiilor, inserţiilor şi deleţiilor (indels) şi a variaţiilor numărului de copii (copy number alterations, CNA) la nivelul a 324 de gene şi a anumitor rearanjări genice, precum şi pentru identificarea semnăturilor genomice, inclusiv instabilitatea microsatelită (MSI) şi numărul total de mutaţii de la nivelul tumorilor (TMB) folosind ADN izolat din probe tisulare fixate în formalină şi incorporate în parafină (FFPE). Testul a fost conceput ca instrument complementar de diagnostic pentru identificarea pacienţilor care pot beneficia de pe urma tratamentului cu anumite terapii în conformitate cu indicaţiile terapeutice aprobate. În plus, F1CDx serveşte la realizarea profilului de mutaţii tumorale care va fi utilizat de profesioniştii din domeniul sănătăţii în conformitate cu ghidurile specifice din domeniul oncologiei la pacienţi cu neoplasme maligne solide.
FoundationOne CDx® poate detecta 4 clase de modificări genomice, plus biomarkerii asociați cu răspunsul la imunoterapie2–4
swipe
Ce gene sunt testate prin FoundationOne CDx®?
Gene testate prin FoundationOne CDx®

Gene testate prin FoundationOne CDx®
Niveluri superioare de detecţie

FoundationOne CDx® este lider în realizarea profilului genomic clinic, detectând mai multe modificări decât alte metode de testare5–8

Comparativ cu multe alte tehnici, cum testul de hibridizare prin fluorescenţă in situ (FISH) și imunohistochimia (IHC), FoundationOne CDx® asigură niveluri superioare de detecţie deoarece utilizează o tehnică de secvențiere de ultimă generație (NGS) bazată pe captarea hibridă pentru secvențierea integrală a regiunilor de codificare a sute de gene asociate cancerului, asigurând o acoperire cu nivel înalt de omogenitate a tuturor genelor secvențiate şi având un grad înalt de sensibilitate atât în identificarea modificărilor frecvente, cât și a celor rare.5–8 Această tehnică permite identificarea atât a mutațiilor comune cât și a celor rare.4 Serviciul asigură o procesare rapidă a informaţiilor, dându-le medicilor șansa de a acționa rapid pe baza constatărilor. Realizarea profilului genomic cu ajutorul FoundationOne CDx® se bazează de asemenea pe una dintre cele mai extinse baze de date genomice privind pacienții și este susținută de experți de talie mondială în domeniu, ceea ce garantează un serviciu de înaltă calitate, rapoarte detaliate și accesul la acești experți în cazul în care este nevoie de asistență în urma primirii raportului.

 

FoundationOne CDx® poate extinde posibilităţile de diagnosticare și opțiunile de tratament pentru pacienți prin identificarea modificărilor genomice pe care alte tehnici medicale standard le pot omite6–11
Tehnicile medicale standard, cum ar fi IHC, continuă să aibă un rol important în diagnosticarea anumitor tipuri de cancer, cum ar fi situațiile în care este necesară utilizarea unui singur test de determinare a biomarkerilor pentru stabilirea prezenței sau absenței unor modificări specifice asociate cu succesul terapeutic al unui tratament aprobat. Realizarea detaliată a profilului genomic oferă posibilitatea de a detecta simultan biomarkeri și modificări multiple, fără a fi necesară prestabilirea ţintelor terapeutice (aceasta însemnând că ţintele sunt cunoscute anterior testării). Aceste teste sunt deosebit de valoroase în cazurile în care este mai puțin clar ceea ce urmează a se testa.6–11
FoundationOne CDx® poate identifica modificările prezente într-o gamă variată de tipuri de cancer4

FoundationOne CDx® asigură realizarea profilului genomic detaliat, astfel încât nu este necesară pre-specificarea unei modificări de interes. S-a arătat că majoritatea modificărilor potențial relevante sub aspect clinic pot fi omise prin utilizarea tehnicilor tradiționale de realizare a profilului genomic care testează pentru modificări pre-definite în funcţie de așteptările medicului.6–11 În cadrul unui studiu asupra unui număr de aproximativ 7.300 specimene de tumori solide, a fost investigat beneficiul potenţial al terapiei ţintite pentru modificări cunoscute ale oncogenei ERBB2 (denumite şi HER2) care sunt comune pentru cancerul mamar, gastric și gastro-esofagian (GE). În cadrul acestui studiu au fost identificate modificări ale ERBB2 în 27 de tipuri diferite de țesuturi, iar modificările de tipul amplificării genei ERBB2 detectate în cazuri de cancer al joncțiunii esogastrice, în cele mamare și gastrice au reprezentat doar 30% din totalul modificărilor cunoscute depistate la nivelul oncogenei ERBB2.7

Efectuarea unui profil NGS detaliat pe bază de captare hibridă a condus la detectarea modificărilor genomice de bază de tipul substituirilor, rearanjărilor, inserțiilor/delețiilor și amplificărilor din întregul spectru de tipuri de cancer testate. Rezultatele acestui studiu evidenţiază faptul că, în comparație cu standardele clinice actuale, realizarea profilului genomic detaliat are capacitatea de a identifica cu o mai mare acuratețe pacienții care ar putea obţine beneficii de pe urma terapiilor ţintite pentru ERBB2.**7

Pacienți la care modificările relevante clinic pot fi detectate prin realizarea profilului genomic detaliat7
swipe
FoundationOne CDx® asigură realizarea profilului genomic detaliat prin care pot fi identificate mai multe modificări decât prin analiza NGS hotspot4,17,18
Analiza NGS hotspot (pe bază de ampliconi) secvențiază numai anumite regiuni sau grupuri de gene care sunt cunoscute a fi asociate cu declanşarea cancerului. Deși este mai detaliată decât alte tehnici precum hibridizarea prin fluorescență in situ (FISH) sau reacția de polimerizare în lanț cu transcripţie inversă (RT-PCR), această tehnică oferă posibilităţi limitate de analiză și se estimează că, fără teste FISH suplimentare, o analiză tip hotspot poate omite până la 50% din modificările relevante din punct de vedere clinic, a căror testare este recomandată de ghidurile NCCN.17 În plus, acest tip de testare identifică în general cu mare precizie substituţiile de bază, însă are o capacitate scăzută de detecţie a inserțiilor și delețiilor mici.18 Prin urmare, multe modificări pot fi omise pe parcursul testului NGS hotspot în comparație cu FoundationOne CDx® care oferă posibilitatea unei testări detaliate pentru realizarea profilului genomic (captare prin hibridizare) a >99% dintre secvențele de codificare ale multor gene asociate cancerului.4
Testarea hotspot nu identifică atât de multe modificări ca metoda de realizare a profilului genomic detaliat4,17,18
Testarea hotspot nu identifică atât de multe modificări ca metoda de realizare a profilului genomic detaliat4,17,18
swipe

__

Capacitatea superioară de detecţie pe care o oferă metoda FoundationOne® față de analiza NGS hotspot este dovedită în cadrul mai multor studii:

pacienți cu diagnostic de cancer pulmonar fără celule mici (NSCLC)

 

17% (12/71) dintre pacienții pozitivi la testarea pentru deleţia exonului 19 de la nivelul EGFR, avuseseră anterior rezultat negativ la analiza NGS hotspot.5

cazuri de cancer colorectal

 

88% dintre modificările predictibile la nivelul genei KRAS din afara regiunii hotspot a codonilor 12/13 fuseseră omise prin testarea hotspot anterioară.19

Referințe
  1. Informații tehnice referitoare la FoundationOne CDx®
  2. Chalmers ZR et al. Genome Med 2017; 9:34.
  3. Castro MP et al. J Immunother 2015; 3:58.
  4. Frampton GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031.
  5. Schrock AB et al. Clin Cancer Res 2016; 22:3281–3285.‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬
  6. Ali SM et al. The Oncologist 2016; 6:762–770.‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬
  7. Chmielecki J et al. The Oncologist 2015; 20:7–12.‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬
  8. Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268.‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬
  9. Chen AY-Y and Chen A. J Invest Dermatol 2013; 133:e8.‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬
  10. Bridge JA. J Orthop Sci 2008; 13:273–282.‬‬‬‬‬‬‬‬‬
  11. Angulo B et al. PLoS One 2012; 8:e43842.
  12. Bishop R. Bioscience Horizons 2010; 1:85–95.‬‬‬‬‬‬‬‬‬
  13. Hu L et al. Biomark Res 2014; 2:3.‬‬‬‬‬‬‬‬‬
  14. Lin F and Prichard J (eds). Manual de imunohistochimie practică 2015. Întrebări frecvente, ediția a 2-a. Springer Science+Business Media 2015.
  15. Pekar-Zlotin M et al. The Oncologist 2015; 20:316–322.
  16. Leong T Y-M et al. Adv Anat Pathol 2010; 17:404–418.
  17. Suh JH et al. The Oncologist 2016; 21:684–691.‬‬‬‬‬‬‬‬‬
  18. Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 21:3631–3639.‬‬‬‬‬‬‬‬‬
  19. Rankin A et al. The Oncologist 2016; 11:1306–1314.